Spillet finder sted på Freddy Fazbear's Pizza, en fastfood-restaurant, der har tematiske animatroniske karakterer til at underholde gæster. Spilleren påtager sig rollen som en nattevagt, der er ansvarlig for at overvåge restauranten i nattetimerne. Handlingen foregår flere år før begivenhederne i første del af serien. Restauranten står over for problemer med de animatroniske dukker, der udviser usædvanlig adfærd og bliver aggressive i løbet af natten.
Spilleren sidder ved et sikkerhedsbord og bruger overvågningskameraer til at spore de animatroniske figurers bevægelser gennem restauranten. Målet med spillet er at overleve fem på hinanden følgende nætter uden at blive angrebet og besejre de animatroniske dukker. Spilleren skal administrere ressourcer såsom elektricitet, der driver sikkerhedskameraer og dørlåse for at forsvare sig mod angribende animatroniske karakterer.
Spillet indeholder også en dyb historie og hemmeligheder, som spilleren kan opdage ved at udforske og analysere beskeder og interagere med omgivelserne. Five Nights at Freddy's 2 er kendt for sin spænding og skræmmende øjeblikke og gav spillerne en unik oplevelse i gyserspilsgenren.
