Spillet finder sted tredive år efter lukningen af den originale Freddy Fazbear's Pizza-restaurant. I spillet påtager spilleren rollen som nattevagt i et helt nyt anlæg kaldet "Fazbear's Fright: The Horror Attraktion". Spillerens mål er at overleve fem på hinanden følgende nætter (niveauer) i dette uhyggelige museum dedikeret til legenden om Freddy Fazbear.
Spillet foregår fra et førstepersonsperspektiv, og spilleren skal overvåge sikkerhedskameraer og forskellige systemer for at forsvare sig mod animatroniske karakterer, der forsøger at bryde ind på hans værelse. Spilleren skal bruge skarpe taktikker og omhyggeligt styre ressourcer som energi for at overleve natten og forhindre de animatroniske karakterer i at fange ham.
Derudover byder spillet på en kompleks historie og hemmeligheder, som spilleren kan afsløre ved at finde skjulte beskeder og interagere med omgivelserne. Five Nights at Freddy's 3 kombinerer nattevagtens spænding med de mystiske og skræmmende elementer i serien, hvilket gør det til et udfordrende og skræmmende spil for gyserfans.
